2.1. Lãnh đạo Trung tâm:

          - Giám đốc chịu trách nhiệm trước Pháp luật và trước Viện trưởng về các nhiệm vụ được phân công và toàn bộ hoạt động của Trung tâm; quy định chức năng nhiệm vụ của các đơn vị thuộc Trung tâm; xây dựng trình Viện trưởng phê duyệt chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các đơn vị trực thuộc Trung tâm; ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động, các quy chế của Trung tâm theo quy định. 

            - Phòng Quản lý Tổng hợp.

            - Phòng Tư vấn Kỹ thuật và Công nghệ.

            - Phòng Dịch vụ Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu.